按照學術查重的算法，參考文獻格式不正確，學術是直接安排正文內容查重，故會出現將參考文獻納入查重率中。 正確的參考文獻格式應是如此： 在論文中的引用處以右上標 (小四宋體)加方括號的方式表示，不得標注在各級標題之上。
而且，在查重報告中， 不納入查重范圍的參考文獻、目錄等內容都會以灰色字體顯示，而正文則以黑色字體顯示。 通過這點，也可以幫助我們判斷學術是否成功識別了參考文獻等無需查重的內容。
但是像我所在的浙江大學，學校為學生購買了學術查重服務，并集成到研究生管理系統了，而且， 用于查重的論文版本也是最終送審的版本 。 這意味著，刪除參考文獻是不可取的，因為送審版本是需要包括參考文獻的。
學術參考文獻一般不查重，而且論文的參考文獻是一般是不需要查重的，而且學術檢測系統時，就算把全部的論文上傳上去，學術檢測查重系統也是可以識別正確的目錄和參考文獻并剔除，不參與正文檢測。 但是也千萬不要圖省錢，把參考文獻哪些不參考查重的地方省略了。 因為學術查重系統的算法會將你的論文和數據庫中已收錄的論文進行對比，從而得出你論文中哪些部分涉嫌抄襲。 所以整篇上傳，得出來的論文檢測結果才是最準確的。 二、學術參考文獻查重飄紅是怎么回事？ 不過有些人在用學術查重檢測時，卻發現自己的論文查重報告當中參考文獻、目錄或者甚至有些不查重的部分飄紅，出現我們通常所說的重復率，這又是怎么會事呢？ 出來這樣的原因可能有以下幾點：
