然而，學術查重并非是能鑒別全部的參考文獻，唯有有一些吻合格式的參考文獻才會學術鑒別，這也就意味著唯有當參考文獻格式標準且正確的階段，學術才能將該部分參考文獻排出在查重范疇之外。
因此，可確定的說，學術查重不包括格式正確的參考文獻。還有一種事由就可能是你使用的學術查重系統并非是正規的學術查重，因為這種官方網站并非是正規的學術查重系統，因此就引發無法鑒別出參考文獻部分，從而引發畢業論文中的參考文獻被標紅。綜上，學術查重并不包括參考文獻，學術查重一般來說只針對畢業論文的提要部分、英文提要部分、正文部分及附錄部分來查重，而參考文獻并不在學術查重范疇之內。
因此，畢業論文撰寫者不用緊張因要羅列非常多的參考文獻在畢業論文當中。
但，唯有正規的學術才會鑒別參考文獻，另外其還有一個前置性條件是參考文獻格式正確，這也意味著畢業論文撰寫者絕對到學術不端網的“學術查重入口”等正規的學術查重網站來查重，且要依據規定寫參考文獻，保障學術能鑒別。
