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對于論文查重的標準，大部分期刊報社和高校“御用”的查重系統都是學術論文查重系統，這些機構就會將學術論文查重報告作為判定成績的依據，以此為認可的唯一標準。因此大家面臨論文查重的情況時，在最終查重論文定稿時最好也是使用學術論文查重系統。

除了論文查重系統是一個重要的標準之外，還有一個十分重要的標準就是論文查重率。各大高校和期刊報社都會規定論文查重率的合格標準，然后會依據論文查重率來判定論文中學術不端行為的性質，決定論文是否合格。

論文查重率的合格標準大致都是規定在30%之內，學歷越高其論文查重率要求便越嚴格。比如說，本科論文查重率合格標準一般要求在25%范圍以內，碩士論文查重率合格標準一般是要求在15%范圍以內，而博士論文查重率合格標準一般是要求在5%的范圍以內。期刊報社審核投稿論文也是如此，級別越高的期刊，刊登在上面的論文質量越高，其對投稿論文的查重率要求也便越嚴格。