學術比萬方查重的重復率相差很大。 這個大不是指學術一定比萬方查重的重復率高多少；或者是說學術一定比萬方查重的重復率低多少。 這個大是指無法根據萬方的重復率來推斷出學術的重復率多少。 因為萬方數據和學術查重是2個完全不一樣的查重軟件。
再次，二者在計算規則上也存在較大差異，盡管二者都是采用切字符分割法計算重復率，但是萬方是按照連續十字以上重復計算，而學術則是按照連續十三字以上重復計算，從該計算規則上來看，似乎萬方相較于學術而言更為嚴格，實則不然，究其原因在于二者的數據庫覆蓋范圍不同，導致萬方可比對的數據較少。 最后，筆者認為，相較于 學術查重 而言，萬方查重由于其數據庫涵蓋范圍有限導致其標準過于寬泛，對于學術查重而言只具有借鑒意義，而且萬方查重不包括英文數據庫，一旦文章中涉及到英文，無法使用萬方對其進行查重。
不同的論文查重系統，是不同機構所開發，所以，查重比對數據庫的內容、范圍，重復率計算方法，都完全不一樣。 所以，互相之間沒有可比性。 而且學術查重系統根據不同類型論文，分為不同版本。 針對畢業論文而言，本科畢業論文是學術查重PMLC版本，含有“大學生論文聯合比對庫”，包含了使用PMLC檢測過的所有往屆本科畢業論文；研究生畢業論文是學術查重VIP5.3/TMLC2版本，含有“學術論文聯合比對庫”，包含了使用VIP5.3/TMLC2檢測過的所有往屆研究生畢業論文。
學術查重是目前很多高校指定的查重軟件，一般學校有著1-2次的免費查重機會，其余第三方查重都是需要付費檢測（價格不低），其他查重軟件都可作為初稿檢測，數據庫和算法上的區別，最后查重的結果也是肯定不一樣，具體差多少的數值還是有待考量。
